Олимпиада по нанотехнологиям включает ряд конкурсов, которые позволят любому участнику проявить свои силы, знания, опыт и творческие способности. Большинство конкурсов проводятся в два этапа: заочный и очный.

Основной этап олимпиады для учеников 7-11 классов проходит по комплексу предметов: химия, физика, математика и биология. Кроме выполнения заданий заочного этапа, школьники могут заработать дополнительные баллы и поучаствовать в конкурсе проектных работ «Гениальные мысли».

Для учеников 5-7 классов также проводится конкурс «Юный эрудит».

Участники, успешно выполнившие задания заочного этапа, приглашаются на финал. Заключительный этап проходит очно.